北京畜牧兽医研讨所猪遗传育种立异团队提出最优的低掩盖全基因组测序填充战略

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  北京畜牧兽医研讨所猪遗传育种立异团队提出最优的低掩盖全基因组测序填充战略

  时刻：2024-09-18 10:32来历：中国农业科学院北京畜牧兽医研讨所作者： 刘欣原文:

  中心提示：近来，中国农业科学院北京畜牧兽医研讨所猪遗传育种科学技能立异团队提出了低掩盖全基因组测序数据的最优的填充战略，并评价了填充后的全基因组测序数据的大白猪的繁衍性状基因组猜测精确性，为猪全基因组挑选和杂乱性状的遗传机制解析供给了重要参阅。相关研讨成果宣布在《动物杂志（Animal）》上。

  近来，中国农业科学院北京畜牧兽医研讨所猪遗传育种科学技能立异团队提出了低掩盖全基因组测序数据的最优的填充战略，并评价了填充后的全基因组测序数据的大白猪的繁衍性状基因组猜测精确性，为猪全基因组挑选和杂乱性状的遗传机制解析供给了重要参阅。相关研讨成果宣布在《动物杂志（Animal）》上。

  团队首席王立贤研讨员介绍，低掩盖全基因组测序技能不只能克服高掩盖全基因组测序高额费用，还能防止SNP芯片中位点信息偏倚问题，是一种获取全基因组变异经济有用的方法。但低测序深度的基因分型具有随机性和不确定性，为基因型精确填充增加了难度。本研讨以具有低掩盖全基因组测序数据的1423头大白猪集体为研讨目标，并选取该集体中遗传奉献最多的要害先人个别进行高掩盖全基因组测序作为参阅面板和混合填充的战略进行基因型填充，比较不同战略下的填充精确性，然后评价填充后的全基因组序列数据全基因组猜测的作用和比较全基因组相关剖析成果。

  研讨发现，以要害先人个别的高掩盖全基因组测序数据作为参阅面板来填充低掩盖测序数据是一种最优的战略，可以得到最高的填充精确性，一起发现选用最优战略取得的全基因组数据比较于芯片数据对大白猪繁衍性状基因组猜测的精确性进步了0.31～1.04%，一起还能进步全基因组相关剖析的计算效能。研讨还判定到影响猪繁衍性状相关的遗传位点及其相关候选基因，其间基因EPC2、MBD5、ORC4和ACVR2A与总产仔数相关；IKBKE与产健仔数性状相关；HSPA13和CPA1与出世窝重相关；GTF2H5、ITGAV、NFE2L2、CALCRL、ITGA4、STAT1、HOXD10、MSTN、COL5A2和STAT4与妊娠天数相关。除了EPC2、ORC4、ACVR2A和MSTN外，其他都是本研讨新发现的候选基因。上述研讨成果为低掩盖测序数据在猪的基因组挑选和解析猪繁衍性状遗传机理供给了参阅，一起也为猪繁衍性状芯片拟定供给了显著性位点。

  博士研讨生王晓庆和王立刚研讨员为论文一起榜首作者，赵福平研讨员为通讯作者。该研讨得到了自然科学基金和农业科学技能立异方案等项目的支撑。

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